Mimarlar Odası'nın örgüt yapısı Genel Yönetim Merkezi, Onur Kurulu, Denetleme Kurulu, Komiteler, Şubeler, Temsilcilikler ve Mesleki Denetim Görevlileri olmak üzere yedi temel birimden oluşuyor.

1. Genel Yönetim Merkezi
Ankara’da yer alan Mimarlar Odası Genel Yönetim Merkezi, iki yılda bir ve şube delegelerinin katılımıyla gerçekleştirilen Genel Kurul'da seçilen ve 7 kişiden oluşan Merkez Yönetim Kurulu (MYK) ile yönetiliyor.

2. Onur Kurulu
İki yılda bir, şube delegelerinin katılımıyla gerçekleştirilen Genel Kurul'da seçilen  5 Asil  ve 5 Yedek üyeden oluşan Onur Kurulu Oda Merkezi'nde görev yapıyor.

3. Denetleme Kurulu
Onur Kurulu ile benzer şekilde Genel Kurul sırasında seçilen ve Oda Merkezi'nde görev alan Denetleme Kurulu, 7 Asil ve 5 Yedek üyeden oluşuyor.

4. Komiteler
Mimarlar Odası veya Şubeleri, Genel Kurulları'nın ve Yönetim Kurulları'nın kararıyla devamlı veya geçici olarak kurulabilen komitelerin inceleyecekleri konular, çalışma süreleri ve amaçları, kuruluş kararında veya özel statülerinde belirtilir. 2006 - 2008 Dönemi'nde görev yapan 14 Komite bulunuyordu:
- AB-GATS Sürecinde Mimarlık Mesleği Komitesi 
- Bilirkişi ve Gayrimenkul Değerleme Komitesi 
- Bilişim Komitesi 
- Doğal Afetler Komitesi 
- Hukuk Komitesi 
- İşyeri Temsilcilikleri Eşgüdüm Komitesi 
- Kültürel Mirasın Korunması ve Geliştirilmesi Komitesi 
- Mesleki ve Örgütsel Araştırmalar Komitesi 
- Mesleki Uygulama ve Denetim Komitesi 
- Mimarlık ve Planlama Komitesi 
- Mimarlıkta Araştırma - Geliştirme Komitesi 
- Uluslararası İlişkiler Komitesi 
- Yarışmalar Komitesi 
- Yayın Komitesi

5. Mimarlar Odası Şubeleri
Mimarlar Odası Şubeleri ise iki yılda bir, şubelere kayıtlı bütün mimarların katılımıyla yapılan genel kurullarda seçilen Yönetim kurulları tarafından yönetiliyor. Mimarlar Odası'nın şuanda ülke genelinde; Adana, Ankara, Antalya, Balıkesir, Bursa, Çanakkale, Denizli, Diyarbakır, Eskişehir, Gaziantep, Giresun, Hatay, İstanbul, İzmir, Kayseri, Kocaeli, Konya, Mersin, Muğla, Ordu, Samsun, Trabzon ve Van olmak üzere toplam 23 şubesi bulunuyor.

6. Temsilcilikler
Şubelere bağlı olarak çalışan temsilcilikler, mimar sayısının sınırlı olduğu kentlerde ayrı yönetim kuralları ile görev yapıyor. Mimarlar Odası'nın 79 kentte temsilcilikleri yer alıyor.

7. Oda Temsilcileri
Oda Temsilcileri (Mesleki Denetim Görevlileri) ise, mimar sayısı temsilcilik kurulmasına yeterli olmayan küçük kentlerde, mimarlık hizmetlerinin denetimi amacıyla, kentteki üyelerin önerileri dikkate alınarak Şube Yönetim Kurulu tarafından atanır.
2008 Mimarlar Odası Seçimleri