Raporda, Marmara Denizi'nin Çanakkale ve İstanbul boğazlarıyla birlikte özellikle Atlantik asıllı göçmen kıyı balıklarının Karadeniz ile Ege arasında gidip gelmeleri için önemli bir uyum kuşağı oluşturduğu ifade edildi. Endüstriyel ve kentsel atık suyun, halen arıtılmadan deniz suyuna karıştığına dikkat çekilen çalışmada, şu görüşlere yer verildi: "Özellikle İzmit ve Gemlik Körfezi, daha yüksek kirlilik kontrolüne ihtiyaç duyulan kritik alanlar arasında. Buralarda ve boğazlardaki kirlilik kaynağı, ağır gemi trafiğine bağlı katı atıklardan, sintine ve balast sularının boşaltılmasından kaynaklanmaktadır."
Geçtiğimiz 10 yıldaki çabalara rağmen su kalitesinin düşmeye devam ettiğinin vurgulandığı raporda, öncelikli olarak programlama ve yatırımların, Marmara Denizi Yönetim Planı çerçevesinde gerçekleştirilmesi gerektiği belirtildi. Yeni atık su arıtma tesislerine ihtiyaç duyulduğunun hatırlatıldığı çalışmada, kara kökenli kirlilik kaynaklarının kontrol altına alınmasının önemine değinildi. Denizdeki izleme istasyonlarının çoğunda biyokimyasal oksijene ihtiyaç duyulduğunu tespit eden OECD, incelemesinde şu uyarılarda bulundu: "Bu durum halk sağlığı, zengin turizm potansiyeli ile kıyı açıklarındaki adalara büyük riskler getirmektedir. Yakın vadede kirlilik kontrolüne daha büyük yatırımların yapılması gerektiğini göstermektedir."