Uzun süre baca arıtmasız çalıştırıldıktan sonra, 2003 yılında baca gazı arıtma tesisi takılan Yatağan'a yine ceza yağdı. İl Müdürlüğü, geçen ay yapılan hava kalitesi ölçümlerinin ardından 500 mikrogram/metreküp olan sınır değeri aştığı gerekçesiyle santrala idari para cezası kesti.
Santralın sınır değeri ne kadar aştığı ise açıklanmadı. Santralın üçüncü ünitesindeki baca arıtma tesisinin 8 Ocak 2009 - 13 Ocak 2009, ikinci ünitedeki tesisin de 9 Ocak 2009 - 13 Ocak 2009 tarihlerinde arıza yaptığı saptandı.