Geçmişte yapılan yanlış restorasyon sonucu temel tarihî özelliklerini kaybeden Yakutiye Medresesi, yeniden onarılıyor. Kültür ve Turizm Bakanlığı Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürlüğü, tüm bu yanlış uygulamaları ortadan kaldırmak üzere çalışma başlattı. Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürlüğü'nce hazırlatılan ve Koruma Bölge Kurulu'nca onaylanan proje kapsamında; iç ve dış mekânda yer alan taş bloklar arasındaki çimento harçlı derzler temizlenerek hidrolik kireç harçla derz yapımına başlandı. Yapı içinde bulunan mekânlarda sıva raspaları yapılarak, hidrolik kireç harçla yeniden sıvanacak.
Medrese yapısına uygun olmayan kapı, pencereler sökülerek yerlerine yapıyla uyumlu ahşap kapı ve pencere doğramaları takılacak. Abdest mahallinde bulunan mermer duvar ve döşeme kaplamalar sökülerek yeniden yapılacak. Restorasyonun 2010'da tamamlanacağını belirten Erzurum Rölöve ve Anıtlar Müdürü Suat Bakır, 29 Nisan 2009 tarihinde yer teslimi yapıldığını fakat fiili olarak restorasyon çalışmalarına yeni başlandığını bildirdi. Restorasyon çalışmalarına 949 bin TL'lik ödenek ayrıldığını ifade eden Bakır, ihalede yüksek bir kırım olduğunu artan parayla da bakanlığın izniyle bitmeyen kısımlara keşif ilavesi yapılacağını söyledi. Restorasyon çalışmalarının 24 Ocak 2010 tarihinde biteceğini açıklayan Bakır, Erzurum'un adeta sembolü haline gelen tarihi medresenin tarihi dokusu korunarak, gelecek nesillere aktarılacağını sözlerine ekledi.