İzmir Metrosu Bornova hattı, ihale itirazları ve davalara takıldı. Bir yandan Kamu İhale Kurumu'nun (KİK) iptal ettiği ilk ihaleyle ilgili Danıştay'ta süren bir dava bulunmasına karşın, ikinci ihale sonucuna da KİK'i yapılan başvuruyla itiraz edildi.

İzmir Metrosu Ege Üniversitesi Hastanesi-Evka 3 istasyonu ikmal inşaatıyla ilgili ihaleler, KİK ve mahkeme kararlarına takıldı. İnşaatına Ağustos 2007'de başlanan ancak işin yarım kalması nedeniyle Ağustos 2009'da müteahhit Bozoğlu firmasıyla sözleşmesi feshedilen hattın tamamlanması için Ekim 2009'da ikmal ihalesi yapıldı. Ege Üniversitesi Hastanesi- Evka 3 istasyonu arası 1950 metrelik hat ve iki istasyon yapımını kapsayan inşaat ihalesi KİK tarafından iptal edildi. Nisan 2010'da ikinci ikmal ihalesi yapıldı. Bu süreçte ilk ikmal ihalesini kazanan konsorsiyumun ortağı Ataç İnşaat'ın açtığı davada Ankara 4. İdare Mahkemesi KİK kararını iptal etti. Bunun üzerine Büyükşehir Belediyesi ikinci ikmal ihalesini geçersiz saydı. Ataç İnşaat'la inşaat sözleşmesi hazırlığı başlatıldı. Bu kez Ankara Bölge İdare Mahkemesi Ankara 4. İdare Mahkemesi kararını bozdu. Bunun üzerine KİK ilk iptal kararını uyguladı. İzmir Büyükşehir Beledilyesi ikinci ikmal ihalesi tekliflerini değerlendirmeye aldı.