Akropolis anıtları hem antik çağın hem de Ortaçağ Dönemi'nin tahribatlarına karşı koymayı başardı. 17. yy'a kadar yabancı gezginler tarafından ziyaret edilen anıtlar, el değmemiş klasik binalar olarak tasvir edildi. Bu durum, barut deposu olarak kullanılan Propylaia'nın havaya uçurulduğu zamanın ortalarına dek devam etti. 30 yıl sonra, Osmanlı işgalciler Athena Zafer Tanrıçası'nın Tapınağı civarını, Akropolis'in temelini sağlamlaştırmak için boşalttılar. Akropolis için en kötü yıl, 1687 idi. Birçok binanın mimari eklentileri havaya uçuruldu ve Akropolis Tepesi'nin etrafındaki yığının içine düştü. Bu durum da, Venedekli güçler tarafından alanın bombalanmasına neden oldu. Akropolis'e gelen yabancı ziyaretçiler, moloz taşlarıyla araştırma yaptılar ve yapıların parçalarını hediye gibi aldılar.
1833'de Türk garnizonu Akropolis'ten çekildi. Yunan Hükümeti'nden sonra tartışmalar Akropolis Tepesi'ndeki Akropolis Müzesi'nin inşasına yönelik oldu. 1863'de Partenon'nun güneydoğusunun bir alanına müzenin inşasına karar verildi ve kurumlar bunu 30 Aralık 1865'de halletti.
Müzenin inşa programı Partenon'nun pervaz yüksekliğinden üstün olmayan bir yükseklikte geliştirildi. 800 metrekarelik zemin alanı ile 1886'da başlayan Akropolis'teki büyük kazılardan çıkarılanları yerleştirmek için yetersiz görünen bir binaydı. İkinci müze, "Küçük Müze" adında 1888'de duyruldu. Son değişimler ikinci müzenin yıkılması ve orijinal halinin epeyce genişlemesi ile 1946-1947 yılları arasında gerçekleşti.
1970'lerde müze, kapısından geçen çok sayıdaki ziyaretçilerle başa çıkamadı. Alanın yetersizliği problemleri doğurdu ve Rock'ın sanateserleri sergisini orada gerçekleştirmeyi çalıştığı gibi bazı hayalleri de suya düşürdü.
Akropolis Müzesi, Constantinos Karamanlis tarafından 1976 yılı Eylül ayında tasarlandı. O ayrıca müzenin inşasının yapıldığı alanı da seçti. Onun bu başarılı vizyonu ile ihtiyaç olan şeyler tanımlanarak, paha biçilemez Yunan eserlerini korumak adına tüm yeni müzenin donanımına teknik özelliklerle birlikte bu ihtiyaçlar eklendi.
Mimari yarışmalar, 1976 ve 1979 senelerinde açıldı fakat hiçbiri başarılı olamadı. İngiliz Müzesi'nden Parthenon Marbles'a geri dönüş yaptığı iddialarıyla Kültür Bakanı tarafından politikası tanımlanan Melina Mercouri, 1989'da uluslararası mimarlık yarışması başlattı.
2000 yılında Yeni Akropolis Müzesi İnşaat Organizasyonu, Avrupa Birliği Direktifliği ile uyumlu yeni bir teklif için davet duyurusu yaptı. Bu teklif Michael Photiadis, Bernard Tschumi ve onların ortaklarının ödüllü tasarımıydı. Tasarım, 2007 yılında tamamlandı.
Bugün yeni Akropolis Müzesi 14.000 metrekarelik sergi alanı ile toplamda 25.000 metrekarelik bir alana sahip. Yeni müze 21.yy'da uluslararası bir müzenin sahip olması gerekli tüm kolaylıkları sunuyor.