Ön protokolü Haziran 1999'da imzalandı. Kent içinde hızlı, çağdaş ulaşımla vatandaşa çok yönlü yararlılık sağlanacak, trafik rahatlayacaktı. 80 kilometrelik Aliağa-Menderes raylı sistemi bu amaçla planlandı. Projeler geliştirildi, TCDD-Belediye ortaklığına gidildi. Mart 2005'de Banliyö işletmeciliği işbirliği sözleşmesiyle çalışma başladı Tüneller, istasyonlar, depo alanları ve karayolu geçitleri bölümler halinde ihale edildi.

Konak eski Belediye Başkanı Erdal İzgi, bildiklerini şöyle anlatıyor: " 300 milyon Amerikan Doları ön keşifli projenin ortaklığı ve harcamaları için yarı yarıya el sıkışıldı. Herkes üzerine düşeni yapacaktı. Devletin bankasından 120 milyon dolar kredi çıkarıldı, imzalar Kasım 2007'de atıldı. Ve aynı tarihteki törende ilan edildi: Mart 2008 de çalışmalar tamamlanacak, hizmet devreye girecek."

Söylenen tarih geldi, hatta bir ay geçti. 25 Nisan 2008'de Büyükşehir Belediye Başkanı imzasıyla yazı çıkarıldı. TCDD Genel Müdürlüğüne;

- Uygulama projelerinin hazırlanıp, kurumunuza onaya gönderilmesi 
- Onay süresinin uzaması 
- Yer tesliminin zamanında tarafınızdan yapılamaması 
- İhale mevzuatındaki zorluklar 
- Bu sürede inşaatların yapılamaması 
- Risklere karşı alınacak önlemler için üniversite raporunun uzun zaman alması 
- Hazırlanan rapor doğrultusunda proje revizyonunun yapılma zorunluluğu

Cümlenin bitişi: Protokolün 31 Ocak 2009'a kadar uzatılması ricasıyla..."

Mücbir nedenlerin ne kadarı doğru bilinmez. Gerçek olan; bu ricaya karşı resmi yanıt verilmediği. Gelse de iki ay önce hizmete girecek sistem 6 ay daha bekleyecek. Biraz zor, hatta hayal. İlgili uzmanlar ortada. Ve, İzgi'den son bir tespit: "Ancak bir tehlike var. Bunu arz edelim. Eğer belediye üzerine düşeni gerçekleştiremezse, protokol gereği her şeyi TCDD'ye devredecek. İşte o zaman başlar çok ağrıyacak."

Kentten
Aliağa ve Foça'lar zehir soluyor
Bu mektubun altında imzası bulunanlar "Bizler, Çakmaklı, Yeni ve eski Foça, Bağarası, Gerenköy yörelerinde yaşayan kimimiz emekli, kimimiz yaşlı, kimimizde genç bir grup insanız" diye başlıyor ve şöyle devam ediyor:

"Geçtiğimiz hnafta biraraya geldiğimizde gördük ki, Çanakkale asfaltından Yeni Foça'ya döndüğümüzde büyük bir çevre felaketi ile karşı karşıya geldik."

Çevre felaketini dile getiren mektuptan pasajlar: 
- Aliağa ile İzmir arasında her toprak parçası sanayi sektörüne açılmış. 
- Bu bereketli topraklar, bazı yerlerde hurda depolarına, bazı yerlerde kereste depolarına dönüşmüş. 
- Güzelim bağlar sökülmüş, şeftali ve kayısı ağaçları da kesilmiş. 
- Bölgenin yeşil alana ihtiyacı var ama, yangından mal kaçırır gibi hala yeni yeni tesisler yapılıyor.

"Termik santral" söylentileri bölge insanını tedirgin etmiş. Buralarda yaşayanlar," Daha önce Foça'dan İzmir'e zincir oluşturmuştuk, bu defa Foça'dan Ankara'ya zincir oluştururuz" diyor ve uyarıyor: "Çocuklarımız zehir soluyor. Bu kirlilik İzmir'i de tehdit ediyor."