Vakfın genel ihtiyaçları doğrultusunda ihtiyaç programı ve proje için en uygun arazi tespit edilmiştir. Bu bağlamda vakfın şu anda bilgi-belge merkezi olarak kullandığı Eminönü'ndeki Değirmen Han Binası ve çevresi proje için uygun bulunmuştur. Mevcut Değirmen Han ve Zindan Han yeniden işlevlendirilerek kullanılmış ve bunlara ek olarak mevcut gabari de göz önünde bulundurularak yeni bina tasarlanmıştır. Kıyı şeridi mümkün olduğunca halkın kullanımına açılmış mevcut iskele daha kullanılabilir bir noktada yeniden tasarlanmıştır. Kentsel silueti bozmamak için mümkün olduğunca şeffaf bir kütle düşünülmüş, siluetteki hareketliliğe karşılık yapı olabildiğince masif bir kütleye sahiptir. Malzeme olarak brüt beton ve cam kullanılarak sade, net cepheler oluşturulmuş, yapıyı yararak yükselen perde duvarlar ise taş malzeme ile kaplanarak çevredeki yapılarla malzeme açısından da bir bağ kurulmuştur. Yapı içinde bulunduğu çevre ile uyum sağlar ve tasarımdaki tüm çizgiler çevredeki tarihi dokudan referanslar taşır. Yapı çevresindeki hanlarla birlikte çalışırken peyzaj düzeni Yeni Cami'den referans alınan çizgilerle plan düzlemine açılı olarak yerleşir.
Zindan Han Binası yayınevi olarak yeniden işlevlendirilmiş bünyesinde yayınevinin yönetimi, yazarlar için çalışma birimleri, gönüllü odalarının yanı sıra satış ve tanıtımın da yapılabileceği bir kitap-kafeyi de bünyesinde barındırmaktadır.
Günümüzde bilgi-işlem merkezi olarak kullanılan Değirmen Han içerisinde bireysel çalışma birimleri, periyodik okumalar, medyatek gibi üniteleri de barındıran bir kütüphane olarak işlev alarak depo olmaktan öteye geçip, aktif olarak kullanılan bir yapıya kavuşturulmuştur.
Yeni yapılan bina vakfın ihtiyacı olan geniş bir kapalı sergi ve kıyı şeridi ile ilişkili bir açık sergiyi içermektedir. Arazi içerisindeki mevcut yeşil dokuyu korumak amaçlanarak yapı içinde bir avlu oluşturulmuş, mevcut çınar ağacı bu avlu içerisinde muhafaza edilmiştir. Birbirine dik iki perde duvar ile dışa dönük ve içe dönük mekânlar birbirinden ayrılır. Dışa dönük mekânlar olabildiğince şeffaf tutulurken içe dönük olarak tasarlanan konferans salonu, derslikler, seminer salonları kontrollü yarıklar dışında sağır tutulmuştur. Yapı genel olarak alçak bir gabaride tutulurken arşiv kütlesi simgesel bir şekilde yükselir ve masif tamamen sağır kütle hemen yanında yer alan iki hanın yüksekliğine ulaşır.İstanbul Kent Tarihi Araştırmaları Merkezi