Marmaray (Tüptünel) Projesi kapsamında gerçekleştirilen arkeolojik kazılarda Roma ya da Erken Bizans dönemine ait olabilecek liman kalıntılarına rastlandı. Üsküdar'da limana ait olduğu düşünülen küp şeklindeki monoblok taşlar ve inşasında hidrolik harç kullanılan yapılar, meydandaki III. Ahmet Çeşmesi'nin güneyinden başlıyor ve Mihrimah Sultan Camii'nin altına doğru ilerliyor. Kazıyı yürüten İstanbul Arkeoloji Müzeleri arkeologları, liman ve apsidal yapıyla ilgili daha çok veri elde edebilmek için 3 Numaralı Kültür ve Tabiat Eserlerini Koruma Kurulu'na başvurarak, proje sahibi Demiryollar, Limanlar ve Hava Meydanları İnşaatı Genel Müdürlüğü'nden (DLH), kazı alanının genişletilmesini talep etti. Arkeologlar, 1203 yılında IV. Haçlı Seferi'nde donanmanın Üsküdar'a demirlemiş olması buranın liman olasılığını güçlendirdiğini belirterek, tarihi çeşmenin güneydoğu bölümünde ortaya çıkarılan ve payeli bazilika olarak da tanımlanan yapının, 11 ila 13. yüzyıla, Geç Bizans döneminde yapıldığını tahmin ediyor.

Kazı çalışmalarının diğer ayağı olan Yenikapı'da ise Bizans dönemine ait gemi kalıntılarına rastlandı.