Anayasa Mahkemesi, 2006 Merkezi Yönetim Bütçe Kanunu'nun Maliye Bakanlığı'nı harcama ve gelirler konusunda yetkili kılan çok sayıda düzenlemesini iptal etti. Yüksek Mahkeme, 12 Ekim 2004'ten önce yapılmış gecekondu ve yapılara, kullanma izni alınıncaya kadar geçici olarak su ve elektrik bağlanabileceğini öngören yasa hükmünün de iptaline karar verdi. Ancak Yüksek Mahkeme kararları geriye yürümediğinden, maddeden yararlanan bina ve gecekondu sahipleri karardan etkilenmeyecek. Anayasa Mahkemesi, SSK mülkiyetindeki taşınmazların Sağlık Bakanlığı'na devrini öngören hükmü iptal etti. Kamu kurum ve kuruluşlarında kullanılacak araçları ve kimlerin bu araçlardan faydanalabileceğini belirlemekle Maliye Bakanlığı ile Başbakanlık'ı yetkili kılan madde iptal edildi. Mahkeme, açıktan atanacak memurları belirleme ve nakil konularında Maliye Bakanlığı'nı yetkili kılan hükmü de iptal etti. Öğretim üyeleri dışındaki öğretim elemanlarının, KPSS sonuçlarına göre yapılacak atamalar hariç, göreve başladıkları yükseköğretim kurumunda en az 3 yıl çalışmadıkça 657 sayılı Devlet Memurları Kanunu'na tabi kadrolara naklen atanamayacaklarına ilişkin hüküm de iptal edilen maddelerden biri oldu.