İstanbul Yenikapı'da Marmaray Projesi kapsamında devam eden arkeolojik kazılarda, 1600 yıllık surların ve 8 batığın ortaya çıkarılmasının ardından, bölgede Marmaray'la banliyö treni bağlantısından vazgeçildi. Boğazın iki yakasını tüpgeçitle bağlayacak olan Marmaray projesinin metro kazılarında Bizans ve Osmanlı dönemine ait çok sayıda sikke, kandil, cam ve tahta obje, taş ve demir çapaların yanı sıra Osmanlı Dönemine ait tarihi bir çarşı, Bizans dönemine ait Birinci Constantin ve Theodosius döneminin surları, mezarlar, işlikler ve gizli bir geçitin kalıntıları da bulundu.

Avrupa ile Asya'yı birbirine bağlayacak olan Marmaray projesinin Yenikapı ayağında, ayrıca dördüncü yüzyıldan kalma surlar ve geçitler de bulundu. Çalışmaların sürdüğü alanın bir bölümünde ortaya çıkan kalıntıların 4. yüzyıla, Konstantin dönemine ait olduğu saptandı. 1600 Yıllık kalıntıların korunması için marmaray yetkilileri, Yenikapı istasyonunun trenle bağlantıyı sağlayacak olan bölümünü iptal etti. İstanbul Arkeoloji Müzesi Müdürü İsmail Karamut bu konuda şunları söyledi:

"Yüzada olarak adlandırdığımız bu alanda İsa'dan sonra 4. yüzyıla ait gizli geçit ve kalıntılara rastladık. Ayrıca yeraltı mezarlarına rastladık ve bunları Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kurulu'na götürdük, ve kurulda alanın korunmasına karar verildi."

11. yüzyıla ait batıklar, restorasyonlarından sonra belediyenin ve kültür bakanlığının yaptıracağı bir müzede teşhir edileceği öğrenilirken, bölgedeki tarihi zenginlik yüzünden Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Bölge Kurumu tarafından kazı alanı koruma altına alınarak bölgenin Marmaray'la banliyö treni bağlantısından vazgeçildi.

Öte yandan 1000 yıllık Elephterion Limanı ve 11. yüzyıla ait olduğu tahmin edilen sekiz adet ticaret ve savaş gemisi batığı bilim çevrelerince heyecanla karşılandı. İstanbul Arkeoloji Müzesi'nin 2004'ten bu yana sürdürdüğü Yenikapı kazılarında 50'si arkeolog 200 kişi çalışıyor.